类免疫缺陷病毒(HIV)为逆转录病毒,逆转录酶无校正功能,故在逆转录过程中易发生变异并逃避免疫监控。HIV外膜抗原决定簇表位的突变使之逃避中和抗体的作用。HIVgp120氨基酸残基的糖基化和碳水化合物结构的改变而形成“聚糖保护层”,阻碍中和抗体发挥作用。与人类组织相容性抗原(HLA)相互作用的病毒表位的变异降低细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的识别功能,并产生对CTL的抵抗。HIV还能以潜伏状态存在于宿主细胞中,免疫系统难以识别,更无法清除。至今缺乏合适的动物模型,这些都是HIV疫苗研究面临的挑战。